L’anno scorso, il patologo Jeffrey SoRelle e i suoi colleghi hanno sviluppato CoVarScan, un test rapido per il Covid-19, rileva le firme di otto punti sensibili del virus SARS-CoV-2. Ora, dopo aver testato CoVarScan su più di 4.000 campioni di pazienti provenienti dall’University of Texas Southwestern Medical Center, il team di ricercatori riferisce che il test è accurato come altri metodi utilizzati per la diagnosi del Covid-19 e può differenziare con successo tutte le attuali varianti del SARS-CoV-2.
Jeffrey A. SoRelle presso la Divisione di Patologia dell’University of Texas Southwestern Medical Center, responsabile dello studio pubblicato nella rivista Clinical Chemistry, ha detto:
«Utilizzando questo test, possiamo determinare rapidamente quali varianti sono presenti nella comunità e se una nuova variante sta emergendo».
I risultati dei test del Centro di Genomica Umana Once Upon a Time dell’University of Texas Southwestern, hanno aiutato i responsabili della sanità pubblica a seguire nel Texas settentrionale la diffusione del Covid-19 e a prendere decisioni politiche in base alla prevalenza delle varianti. I medici hanno anche utilizzato i risultati per scegliere gli anticorpi monoclonali più efficaci contro alcuni ceppi che infettano i pazienti Covid-19 gravemente malati.
Esistono diversi altri test per il Covid-19, ma in genere rilevano un frammento di materiale genetico del SARS-CoV-2 o piccole molecole presenti sulla superficie del virus, senza fornire informazioni per identificare la variante. Inoltre, molti ricercatori temono che questi test non siano accurati nell’individuare alcune varianti o che possano mancare ceppi futuri.
Gli scienziati per determinare la variante Covid-19 di un paziente, in genere devono ricorrere al sequenziamento dell’intero genoma, un’operazione lunga e costosa che richiede apparecchiature e analisi complesse per individuare l’intera sequenza di RNA contenuta nei virus.
Jeffrey A. SoRelle e i suoi colleghi dell’University of Texas Southwestern, all’inizio del 2021 volevano verificare l’efficacia dei test attuali nel rilevare le varianti emergenti del SARS-CoV-2, ma si sono resi conto che il sequenziamento di molti campioni non sarebbe stato tempestivo o economicamente vantaggioso, così hanno progettato il proprio test, lavorando nel McDermott Center Next Generation Sequencing Core (è parte del Centro Eugene McDermott per la crescita e lo sviluppo umano) diretto da Helen Hobbs, professore di medicina interna e genetica molecolare.
Il test CoVarScan si concentra su otto aree del SARS-CoV-2 che differiscono comunemente tra le varianti virali. Rileva piccole mutazioni – dove la sequenza dei blocchi di RNA varia – e misura la lunghezza delle aree genetiche ripetitive che tendono a crescere e a ridursi con l’evoluzione del virus. Il metodo si basa sulla reazione a catena della polimerasi (PCR) – una tecnica comune nella maggior parte dei laboratori di patologia – per copiare e misurare il RNA in questi otto siti di interesse.
Il team di Jeffrey A. SoRelle per verificare l’efficacia di CoVarScan, ha eseguito il test su oltre 4.000 campioni di tamponi nasali positivi al Covid-19 raccolti presso l’University of Texas Southwestern dall’aprile 2021 al febbraio 2022, provenienti da pazienti con e senza sintomi. I test sono stati convalidati con il sequenziamento del genoma intero, standard di riferimento, e i risultati sono stati utilizzati dai medici per scegliere i trattamenti in alcuni pazienti Covid-19 gravemente malati.
CoVarScan rispetto al sequenziamento del genoma intero ha avuto una sensibilità del 96% e una specificità del 99%. Ha identificato e differenziato le varianti Delta, Mu, Lambda e Omicron di Covid-19, compresa la versione BA.2 di Omicron, un tempo noto come “Stealth Omicron” perché non compariva in alcuni test progettati per rilevare solo il ceppo Omicron.
Jeffrey A. SoRelle ha detto:
«Una critica comune a questo tipo di test è che richiede una regolazione costante per le nuove varianti ma CoVarScan in più di un anno non ha avuto bisogno di alcuna regolazione, continua a funzionare molto bene. In futuro, se avessimo bisogno di modificarlo, potremmo facilmente aggiungere al test altri 20 o 30 hotspot di mutazioni».
Jeffrey A. SoRelle intende continuare a sviluppare commercialmente il test CoVarScan, ha in corso una domanda di brevetto basata su questo lavoro. Inventore del test molecolare (o PCR) di genotipizzazione delle varianti, ha diritto a un reddito derivante dal suo utilizzo.
