Gli scienziati del National Institutes of Health (NIH) hanno sviluppato un nuovo metodo di preparazione del campione per rilevare SARS-Cov-2, il virus che causa il coronavirus Covid-19. Il metodo aggira l’estrazione del materiale genetico del RNA del virus, semplificando la purificazione del campione e riducendo potenzialmente i tempi e costi del test. Il metodo è il risultato di una collaborazione tra ricercatori del National Eye Institute (NEI), e l’Istituto nazionale di ricerca dentale e craniofacciale (NIDCR.)
I test diagnostici rimangono uno strumento cruciale nella lotta contro la pandemia di Covid-19. I test standard per il rilevamento di SARS-CoV-2 comportano l’amplificazione del RNA virale a livelli rilevabili utilizzando una tecnica chiamata PCR a trascrizione inversa quantitativa (RT-qPCR), ma prima, il RNA deve essere estratto dal campione. I produttori di kit di estrazione del RNA hanno avuto difficoltà a tenere il passo con la domanda durante la pandemia di Covid-19, ostacolando la capacità di test in tutto il mondo, ora con l’emergere di nuove varianti di virus, è maggiore la necessità di migliori e più veloci test.
Il team guidato da Robert B. Hufnagel, capo dell’Unità di Genetica Medica e Genomica Oftalmica (NEI), e Bin Guan, collega presso il Laboratorio di Genomica oftalmica (NEI), ha utilizzato un agente chelante realizzato dalla società di fornitura di laboratorio Bio-Rad chiamato resina Chelex 100 per preservare il RNA di SARS-CoV-2 in campioni per il rilevamento mediante RT-qPCR. La ricerca è stata pubblicata nella rivista iScience.
Bin Guan ha affermato:
«Abbiamo utilizzato campioni nasofaringei e di saliva con varie concentrazioni di virioni per valutare se potevano essere utilizzati per il rilevamento diretto del RNA. La risposta è stata sì, con una sensibilità marcatamente alta. Inoltre, questa preparazione ha inattivato il virus, rendendo più sicuro per il personale di laboratorio gestire i campioni positivi».
Il team di Robert B. Hufnagel ha fatto la sua scoperta testando una varietà di sostanze chimiche utilizzando campioni sintetici e umani per identificare quelle che potrebbero preservare il RNA in campioni con una degradazione minima, consentendo al contempo il rilevamento diretto del virus mediante RT-qPCR.
Blake M. Warner, e il suo team dell’Istituto nazionale di ricerca dentale e craniofacciale (NIDCR), per convalidare il test hanno raccolto campioni di pazienti (sul protocollo di ricerca NIH IRB 20-D-0094) e li hanno conservati in mezzi di trasporto del virus o nel nuovo tampone di resina chelante sviluppato presso il NIH Symptomatic Testing Facility.
I campioni nei mezzi di trasporto virale sono stati testati dal team di test Covid-19 presso il Centro clinico del NIH, guidato da Karen M. Frank, utilizzando l’estrazione del RNA convenzionale e il test RT-qPCR. I campioni nel tampone di resina chelante sono stati riscaldati e il RNA virale è stato, quindi, testato mediante RT-qPCR. La nuova preparazione ha aumentato significativamente la resa di RNA disponibile per il test, rispetto al metodo standard.
Robert B. Hufnagel ha aggiunto:
«Riteniamo che questa nuova metodologia abbia chiari vantaggi nell’aumentare la sensibilità, i costi e il risparmio di tempo per i test. Il metodo stabilizza il RNA a temperatura ambiente per facilitare il trasporto, la conservazione e la manipolazione in ambienti clinici».