Il Ministero della Salute francese il 24 gennaio 2020 ha confermato i primi tre casi di pazienti affetti dal coronavirus di Wuhan. L’Istituto Pasteur responsabile del monitoraggio dei virus respiratori in Francia il 29 gennaio 2020 ha sequenziato l’intero genoma del coronavirus noto come “2019-nCoV”, diventando la prima istituzione in Europa a sequenziare il virus dall’inizio del focolaio. Il virus è stato sequenziato presso la Piattaforma mutualizzata per la microbiologia (P2M), aperta a tutti i laboratori di riferimento dell’Istituto Pasteur, a Parigi e all’interno della Rete internazionale (IPIN). Offre un facile accesso al sequenziamento multi-patogeno di prossima generazione del genoma su ceppi batterici, virali, fungini e parassitari ricevuti dai Centri di riferimento nazionali e dai Centri di collaborazione dell’Organizzazione mondiale della sanità ai fini della sorveglianza delle malattie infettive.
È emerso nel dicembre 2019 un focolaio di polmonite apparentemente virale di eziologia sconosciuta nella città di Wuhan, nella provincia cinese di Hubei. Le autorità sanitarie cinesi e l’Organizzazione mondiale della sanità (OMS) il 9 gennaio 2020 hanno annunciato la scoperta di un nuovo coronavirus, noto come 2019-nCoV, che è stato confermato essere l’agente responsabile dei casi di polmonite (consultare la scheda informativa dell”Istituto Pasteur nella pagina “Wuhan coronavirus” – pagina in francese).
Le autorità cinesi nei giorni 11 e 12 gennaio 2020, hanno condiviso l’intera sequenza del genoma del coronavirus, come rilevato in campioni prelevati dai primi pazienti. Sylvie van der Werf, responsabile del Centro Riferimento Nazionale (CNR) per i virus respiratori presso l’Istituto Pasteur, ha detto:
«Il sequenziamento del genoma dei patogeni è fondamentale per lo sviluppo di specifici test diagnostici e l’identificazione di potenziali opzioni terapeutiche».
Venerdì 24 gennaio 2020. Rilevamento del virus confermato in Francia
L’Istituto Pasteur nella tarda mattinata di venerdì 24 gennaio 2020, ha ricevuto campioni di tre casi sospetti (due pazienti a Parigi e uno a Bordeaux). Sylvie Behillil, vicedirettore del CNR presso l’Istituto Pasteur, ha detto:
«Utilizzando i campioni prelevati da questi pazienti, abbiamo rilevato il nuovo coronavirus».
Da venerdì 24 gennaio 2020. Genoma virale sequenziato all’Istituto Pasteur
Gli scienziati lo stesso venerdì sera, hanno avviato il processo di sequenziamento del genoma virale basato sui campioni. Il CNR ha preparato il materiale per il sequenziamento, pronto per la Piattaforma mutualizzata per la microbiologia (P2M) per iniziare a lavorare immediatamente il lunedì successivo. La corsa di sequenziamento è stata completata martedì sera, gli scienziati hanno utilizzato l’analisi dei dati per ottenere la sequenza dell’intero genoma in due dei primi tre casi confermati in Francia. Vincent Enouf ricercatore presso l’Istituto Pasteur, ha detto:
«Ciò dimostra l’efficacia del processo di analisi del CNR basato sul sequenziamento virale».
Giovedì 30 gennaio 2020. L’Istituto Pasteur ottiene e condivide l’intera sequenza del virus
La piattaforma P2M attualmente funziona ad un livello molto alto, il tempo medio impiegato per produrre sequenze, varia da tre giorni (per le emergenze) ad un massimo di dieci giorni. In questo caso, ci sono voluti solo tre giorni per determinare l’intera sequenza.Vincent Enouf, spiega:
«Abbiamo eseguito analisi dei dati durante la notte da martedì a mercoledì, quindi con una controanalisi, confermato i risultati mercoledì. L’intera sequenza è stata confermata in soli tre giorni. Le sequenze erano identiche in tutti i nostri campioni, un membro della coppia deve aver contaminato l’altro, poiché il virus è lo stesso».
Le due sequenze complete del virus isolate in due dei primi casi francesi sono state sottoposte alla piattaforma GISAID (promuove la condivisione internazionale di tutte le sequenze di virus influenzali, i relativi dati clinici ed epidemiologici associati ai virus umani e i dati geografici e specifici delle specie associati ai virus degli uccelli e di altri animali, per aiutare i ricercatori a capire come i virus si evolvono, si diffondono e potenzialmente diventare pandemie), inizialmente sviluppata per condividere sequenze e monitorare l’evoluzione genetica dei virus influenzali, un processo fondamentale per determinare la composizione del vaccino antinfluenzale. È stata creata una speciale scheda “coronavirus” per dar modo alla comunità scientifica di lavorare insieme e avanzare ad un ritmo più rapido.
Vincent Enouf ha aggiunto:
«Circa venti altre sequenze del nuovo genoma del coronavirus sono state ottenute in tutto il mondo, se le confrontiamo con la nostra, possiamo vedere che sono tutte molto vicine, non c’è molta diversità nei virus analizzati, ciò suggerisce che il coronavirus 2019-nCoV non ha dovuto mutare per adattarsi e diffondersi».
Il Centro Riferimento Nazionale (CNR) per i virus respiratori presso l’Istituto Pasteur di Parigi è uno dei laboratori di riferimento dell’OMS per il coronavirus 2019-nCoV. Otto persone del CNR e due della piattaforma di sequenziamento P2M hanno lavorato sul virus questa settimana, continueranno a monitorare l’epidemia in Francia.
Piattaforma mutualizzata per la microbiologia (P2M) all’avanguardia per la microbiologia aperta anche a CNR esterni
La P2M è disponibile per il sequenziamento anche per CNR esterni, nel 2019 ha lavorato con quattro CNR esterni all’Istituto Pasteur. La piattaforma sequenzia batteri, virus, parassiti e funghi. Grazie all’esperienza acquisita negli ultimi cinque anni (dal 2015), P2M offre oggi un servizio molto efficiente, come dimostrato da un tasso di successo di primo passaggio (ovvero una sequenza di alta qualità che fornisce informazioni complete sull’intero genoma) di oltre il 95% nel 2019. La produzione in sequenza per le emergenze richiede tre giorni, fino ad un massimo di dieci giorni per il sequenziamento ordinario.
P2M nel 2019 ha sequenziato circa 25.000 agenti patogeni. Il sequenziamento del genoma aumenta la soglia di sensibilità per il rilevamento dell’epidemia. L’individuazione precoce delle epidemie da parte degli scienziati dell’Istituto Pasteur (casi raggruppati in un breve periodo causati dallo stesso patogeno) consente agli epidemiologi di mettersi immediatamente al lavoro per determinare le origini dell’epidemia e le autorità di coordinare la risposta della salute pubblica.
